トーマはヘルガとチットをパパン島のそばにある、コックリ島という密林に覆われた小さな島へ連れて行く。そこは施設の人間にもきっと見つけられない、トーマの秘密の島なのだ。
物語は2億光年という気の遠くなるような宇宙空間と地球上での500年という時空と世紀を越えて旅をする子供たちのラブストーリー。