西暦2977年。宇宙海賊として地球全域にその名が知れ渡るキャプテン・ハーロックは、すっかり腑抜けた地球に危機感を覚えていた。そんなとき、天文学者が次々と暗殺されるという事件が発生し…!?
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!