第7惑星を出発した輸送船団が円盤に攻撃された。地球はこれをハーロックの仕業と考え、彼を捕縛するためにハーロックが「大切な友から預かった」という少女・まゆをエサにおびき出そうとする。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!