侵略者からの飛来物で都市圏はパニックに。台羽博士や彼の息子・正と共に見守っていたクスコ教授は、その飛来物が侵略者の打ち込んだペナントで、地球の占有権を主張する「印」だと直感する。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!