「女王ラフレシア」と言い残してマゾーン兵士は自爆した。さらなる情報収集の必要性を感じたハーロックは、正の適性を確認するためにもマゾーンの戦闘艇を撃墜させ、残骸をクルーに回収させる。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!