ペナントとピラミッドから発せられた信号。それはマゾーン本隊を誘導するものだった。ハーロックはアルカディア号を設計した親友の娘・まゆを守るのが使命だと再認識し、面会のために地球へ戻る。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!