マゾーンが地球全土のジャングルで眠りについていることを確信したハーロックは、一度海賊島に戻ることを決意した。そこへ、南米で部下を殺されたアレルギアスが復讐戦を仕掛けてくる。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!