アルカディア号の航行中、ハーロックたちはマゾーンの遭難船を発見し、艦内からパイロットのローラを捕虜として救出。不気味な笑顔を見せるローラに対し、ハーロックは正を監視につける。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!