金星の大地を調査していたアルカディア号は、化石大陸でナスカの地上絵を思わせる幾何学模様を発見。基地らしき施設へと上陸し、1億8千万年より以前に書かれた地球に関する書物を発見する。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!