サルガッソ海から放たれた3番目の信号を調査するべく、アルカディア号は地球に引き返した。待ち受けていたマゾーンの刺客・魔女アマンは、1945年当時の旧日本軍艦隊を使って攻撃を開始する。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!