滑走路のようなオーロラを発見したアルカディア号は北極に来ていた。ハーロックとミーメは人影を発見。そこでハーロックを殺すために10年も待ち続けたというマゾーンの戦士・オーロラと遭遇する。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!