オペレーターの有紀蛍は両親の墓参りに訪れていた。そこへ父の元弟子・一也が来る。かつて蛍の父親は地球と同じ環境のスペースコロニーを作ろうとしたが失敗して絶命し、一也は父を非難していた。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!