宇宙でメッセージボトルを回収したアルカディア号はSOSを発したブレーブス号の艦長・山中を助けるために馬の首星雲へ。山中は機関長・魔地のかつての上司だったが、ケンカ別れをしていたのだ。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!