艦内に突如出現したマゾーンたち。最初はただの映像と油断していたが、次に現れたのが実体と知って戦闘状態に。機関長は敵のひとりが、かつてマゾーンに連れ去られた娘・ミドリだと気づく。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!