ミーメの惑星は、かつて核戦争で滅亡したジュラという惑星だった。しかし、久しぶりに故郷に立ち寄ったミーメとアルカディア号は、またもやマゾーンの罠にかかってしまう。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!