アルカディア号を襲った隕石群。その中に潜伏していたマゾーン兵が艦内に侵入する。しかし彼らはアルカデイア号に敵対心を抱かず、マゾーンに侵略され、戦闘訓練を受けた別の惑星の住人だった。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!