デスシャドウ島に戻り、ゾルの記憶装置から女王ラフレシアの旗艦がとてつもなく大きいことを知るハーロックたち。彼らは火星にもペナントが打ち込まれたことを察知して、ただちに現場へと向かう。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!