マゾーンから脱走したゾルバとルシアは、ゾルバが戦士ゾルの息子、ルシアがマゾーンの看護兵という驚きのカップルだった。2人を保護したアルカディア号のクルーはルシアをスパイだと疑うが…!?
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!