ゾルバとルシアが惨殺され、ドクター・ゼロの憤りは頂点に。アルカディア号が磁気嵐にまぎれて敵艦隊の中心部に突っ込む作戦に出ると、愛猫のミーを預け、自ら戦闘機で出撃してしまう。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!