暇を持て余すアルカディア号の元に、突如飛来した一機のマゾーン戦闘機。まゆの手がかりがつかめるかも知れないと判断した正は、単身その戦闘機を追って虹の星で遭難してしまう。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!