次の目的地を特定できずにいたアルカディア号に、マゾーンが地球に先遣部隊を送ったとの報告が入る。クルーに地球へ引き返すよう提言されるハーロック。しかしまゆの捜索を第一に考える彼は…!?
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!