首相にマゾーンの脅威を訴えていた切田長官が、首相秘書の波野静香の策略で反逆罪に問われていた。翌朝の死刑が確定され、万事休すの切田。しかしそれを救ったのも静香だった。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!