地球のマゾーン遊撃隊が攻撃を開始した。電磁嵐を利用することで先行するマゾーン本体を追い越したアルカディア号は、まゆを安全な場所へと避難させるべくスクールへと急いだ。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!