ついにアルカディア号は女王艦に突入。ヤッタラン副長ひとりを艦内に残し、女王艦内へと総攻撃をかけるクルーたち。その最中、ハーロックは自ら戦闘衣装に身を包んだ女王ラフレシアと対峙する。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!