マゾーンの侵略を阻止して地球に凱旋したハーロックたちだったが、彼らを待っていたのは地球追放命令だった。ハーロックはクルーだけでも恩赦を与えてほしいと首相に頼むが、拒絶されてしまう。
宇宙をまたにかけ、戦い続ける孤高のヒーロー。その名は宇宙海賊・キャプテンハーロック!