高校生の衛宮士郎は、普段と変わらぬ穏やかな生活を送っていた。しかし、その日常の裏で、街では頻発するガス漏れ事故や強盗殺人事件など暗く奇妙な事件が続いていた。
手にした者の願いを叶えるという聖杯をめぐり、“聖杯戦争”と呼ばれる魔術師同士の戦いを壮大なスケールで描く。