魔術師のひとりの遠坂凛は、サーヴァント“アーチャー”と「聖杯戦争」に関わる敵の捜索を始めていた。その敵のサーヴァント“ラン15サー”と遭遇する。
手にした者の願いを叶えるという聖杯をめぐり、“聖杯戦争”と呼ばれる魔術師同士の戦いを壮大なスケールで描く。