セイバーの存在を友人の妹である間桐桜や、担任の藤村大河に知らせるわけにはいかないと、セイバーを自分の部屋に隠していた士郎だったが…!?
手にした者の願いを叶えるという聖杯をめぐり、“聖杯戦争”と呼ばれる魔術師同士の戦いを壮大なスケールで描く。