士郎と凛は、学校に潜むもうひとりのマスターを倒すまで協力関係を結ぶことに。そんな中、マスターのサーヴァント“ライダー”が学校に張った結界はあと2、3日で発動するまでに強まっていた。
手にした者の願いを叶えるという聖杯をめぐり、“聖杯戦争”と呼ばれる魔術師同士の戦いを壮大なスケールで描く。