これ以上慎二に無関係な人たちを傷つけさせるわけにはいかないと、街を捜索する士郎とセイバー。そして夜の新都にやってきた2人の前にライダーが現れ、セイバーを高層ビルの屋上に誘い込む。
手にした者の願いを叶えるという聖杯をめぐり、“聖杯戦争”と呼ばれる魔術師同士の戦いを壮大なスケールで描く。