ライダーとの戦いで魔力を使い果たしたセイバーは、意識を失ってしまう。このままではセイバーが消滅してしまう。だが、士郎にはそんな彼女へ魔力を供給することができなかった。
手にした者の願いを叶えるという聖杯をめぐり、“聖杯戦争”と呼ばれる魔術師同士の戦いを壮大なスケールで描く。