イリヤにさらわれた士郎を救出するためにアインツベルン城へ潜入したセイバーたちは、士郎と再会した。セイバーたちはそのまま脱出をはかるが、行動はすべてイリヤによってとらえられていた。
手にした者の願いを叶えるという聖杯をめぐり、“聖杯戦争”と呼ばれる魔術師同士の戦いを壮大なスケールで描く。