士郎たちはバーサーカーとの死闘を乗り越え、しばしの平穏を取り戻した。だが、イリヤが衛宮家に同居することになり、士郎とセイバーはお互いを意識してぎこちなくなっていた。
手にした者の願いを叶えるという聖杯をめぐり、“聖杯戦争”と呼ばれる魔術師同士の戦いを壮大なスケールで描く。