聖杯の生贄としてさらわれてしまった桜を救うべく、士郎たちは柳洞寺に向かった。だが、そこに竜牙兵やアサシン、そしてマスターである葛木が立ち塞がる。凛はついに桜の元へ辿り着くが…!?
手にした者の願いを叶えるという聖杯をめぐり、“聖杯戦争”と呼ばれる魔術師同士の戦いを壮大なスケールで描く。