お互いの存在を認め合ったセイバーと士郎の前に、再びあの黄金サーヴァントが現れた。セイバーを我がものにしようとする黄金サーヴァントに2人は立ち向かうが、その力の前に圧倒されてしまう。
手にした者の願いを叶えるという聖杯をめぐり、“聖杯戦争”と呼ばれる魔術師同士の戦いを壮大なスケールで描く。