士郎がひとりで言峰教会に行ったことを知り、不穏なものを感じたセイバーは急ぎ教会へと駆けつけた。だが、時すでに遅くランサーの槍に貫かれた士郎が瀕死の状態で横たわっていた。
手にした者の願いを叶えるという聖杯をめぐり、“聖杯戦争”と呼ばれる魔術師同士の戦いを壮大なスケールで描く。