言峰教会から脱出したセイバーと士郎が衛宮邸に戻ると、そこには血だらけで倒れている凛の姿が。セイバーと士郎は、降霊の地となる柳洞寺に向かい、ギルガメッシュや言峰との最後の戦いに臨む!
手にした者の願いを叶えるという聖杯をめぐり、“聖杯戦争”と呼ばれる魔術師同士の戦いを壮大なスケールで描く。